За основу Yamaha FJR1300 был взят рядный 4-цилиндровый инжекторный двигатель жидкостного охлаждения, объемом 1298 куб. см., выдающий 143 л.с. мощности и 134 Нм крутящего момента. Максимальные характеристики мотора достигаются уже на 7000-8000 об/мин.